Exploring RNA conformational ensembles in silico: progress and challenges
本論文は、RNA の構造多様性とエネルギー地形の複雑さを踏まえ、サンプリング効率や力場精度などの課題を事例を通じて論じつつ、実験データとの統合や機械学習の活用といった将来展望を提示することで、計算機シミュレーションによる RNA 構造アンサンブルの探索における進展と課題を総括しています。
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molecular biology
376 件の論文
Embryonic cortical extracellular vesicles confer neuroprotection via multipathway signaling with CaMKIIα as a key mediator
本研究は、マウス胎児大脳皮質由来の細胞外小胞（sEV）が、CaMKIIαを主要なメディエーターとして多様なシグナル経路を活性化し、老化ニューロンにおける微小管の安定性やミトコンドリア呼吸を回復させることで神経保護作用を発揮することを明らかにしました。
Mechanistic insights into transcriptional regulation of ARHGAP36 expression identify a factor predictive of neuroblastoma survival
本研究は、FOXC1 が ARHGAP36 の発現を誘導して Hedgehog 経路を活性化し、神経芽腫の予後を改善する因子として機能することを、マウスモデルと大規模患者コホート（1348 例）の解析から実証した。
Regulatory landscapes and structural choreography of transcription initiation in spirochetes
本論文は、スピロヘータの RNA ポリメラーゼがプロモーターの解離能が低下していることを示し、CarD による補償、-35 要素の早期離脱、および DNA への非特異的かつ緊密な結合という特異的な転写開始メカニズムをクライオ電子顕微鏡解析を通じて解明したものである。
Conserved sequence elements in the final exon of MDM2-eight-exon skipping event reveal a cassette regulon model of alternative splicing controlled by a distal regulatory element.
本研究は、MDM2 遺伝子における 8 番エクソンスキッピングを制御するメカニズムが、個々のエクソンの自律的制御ではなく、遠隔末端エクソン内の配列要素によって統括的に調節される「エクソン・レギュロンモデル」であることを実証し、がん治療への新たな標的戦略を提供するものである。
Aging in Fast-Forward: An Inducible SIRT6 Deficiency model as a Lens on Brain Aging and Neurodegeneration
本研究は、SIRT6 の段階的な枯渇を誘導する可逆的なニューロン様細胞モデルを開発し、加齢と神経変性の分子メカニズムを解明するとともに、加齢とアルツハイマー病の転換点や核内・細胞質間輸送の障害といった新たな経路を同定した。
Histone variant H2A.Z mutant suppresses the senescence-associated secretory phenotype
ヒストンバリアント H2A.Z の変異体がヌクレオソームの不安定化を引き起こすことで、細胞周期遺伝子への影響なしに、H3K27ac の減少を介して細胞老化に伴う分泌現象（SASP）を抑制することが示されました。
Interrogating the Mechanisms of Cas9-mediated Allele Conversion
本研究では、ホモログな対立遺伝子を鋳型として変異を修復する「対立遺伝子変換」のメカニズムを解明し、その効率を高めるための新しい細胞モデル（CHACR）と DNA 修復経路の調節因子を同定しました。
Komagataella phaffii encodes two functional Pho4 transcription factors
本論文は、酵母Komagataella phaffiiが従来の真菌とは異なり、リン酸飢餓やアルカリ性ストレスへの適応において機能的に重複しつつも異なる役割を果たす2つの機能性Pho4転写因子（PHO4(A)とPHO4(B)）をコードしていることを初めて実証したものである。
Greater Expression of DNA Repair Pathways in Sharks vs. Rays/Skates Based on Transcriptomic Analyses
トランスクリプトーム解析により、サメはエイや skate に比べて DNA 修復経路の発現が有意に高く、これが汚染された海洋環境における DNA 損傷の修復やがん回避に寄与している可能性が示唆されました。
WITHDRAWN: The effects of estrogen on cardiac progenitor cell-derived extracellular vesicles in enhancing cardiac protection through promoting tissue repair and regeneration
この論文は、追加データの取り込みと大幅な改訂のため著者によって撤回され、引用を希望されていないため、エストロゲンが心筋前駆細胞由来の細胞外小胞を介して心臓保護や組織修復・再生に及ぼす影響に関する具体的な知見は含まれていません。
Antisense oligonucleotide allele-specific targeting of EFEMP1 in a patient-derived model of Doyne honeycomb retinal dystrophy
この論文は、ドイーン・ハニカム網膜ジストロフィーの原因遺伝子変異を特異的に標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いることで、患者由来の疾患モデルにおいて異常なタンパク質蓄積や脂質蓄積を解消し、治療可能性を実証したことを報告しています。
PARP1 Suppression Drives ROS Resistance in Aneuploid Cancer Cells
この論文は、染色体数異常（異数性）が転写因子CEBPBを介してPARP1の発現を抑制し、活性酸素種への耐性を獲得することでがんの進行と転移を促進するメカニズムを解明したものである。
Lipid Acyl Chain-Driven α-Synuclein Fibril Polymorphisms and Neuronal Pathologies
本研究は、加齢に伴う細胞膜の脂質組成変化がα-シヌクレイン繊維の構造多型を誘導し、その結果として神経毒性や細胞内凝集、炎症反応などの病態の重症度に差異をもたらすことを明らかにしました。
INTERPOLATION-BASED CONDITIONING OF FLOW MATCHING MODELS FOR BIOISOSTERIC LIGAND DESIGN
本論文は、高品質な分子生成が可能な 3 次元フローマッチングモデルを、再学習なしで種子リガンドやフラグメントセットに基づいて形状や薬理基盤パターンを保持しつつ生体等価リガンドを設計できるよう、2 つの推論時条件付け戦略（Interpolate-Integrate と Replacement Guidance）を導入し、天然物リガンドのホッピングやフラグメント・薬理基盤の統合といった創薬タスクにおける有効性を示したものである。